Le premier élément de réponse est le suivant :
hint.acpi.0.disabled="1"
serait à mettre dans le fichier /cf/boot/loader.conf
Qu'à cela ne tienne, me voilà déjà parti pour modifier le fameux fichier... mais...

/cf/boot/loader.conf: Read-only file system.

Eh oui! La carte flash est montée en read-only comme le montre la fstab

freenas:~# cat /etc/fstab
/dev/ad4a /cf ufs ro 1 1


Il suffit donc de :
  • remonter la partition en rw avec mount :
    mount -u -o rw /dev/ad4a /cf
  • dans /cf/boot/loader.conf ajouter la ligne
    hint.acpi.0.disabled="1"
  • rebooter pour vérifier que tout est OK
Normalement, le serveur devrait booter correctement sans aucune intervention manuelle pour désactiver l'ACPI.